中小企業は同族会社がほとんどであり、同族会社は少数の株主が経営者や役員として支配している会社である。彼らにとって、剰余金から配当を受けるのは累進税率による所得税等の負担が高まるため、配当を繰り延べるほうが合理的である。 留保金課税制度は、このような同族会社の節税から課税するスキームであった。
平成19年度改正で、資本金1億円以下の特定同族会社の留保金課税が除外されることになった。